La CUS è dotata di facoltà decisionali vincolanti in determinati settori ed ha i seguenti compiti:
- emanare ordinamenti quadro sulla durata normale degli studi e il riconoscimento di unità di corsi e di diplomi finali che vincolano tutte le parti interessate;
- accordare sussidi subordinati a progetti;
- valutare periodicamente la distribuzione dei poli nazionali di ricerca nell’ottica della ripartizione dei compiti tra le scuole universitarie sul piano nazionale;
- riconoscere istituti o cicli di studio;
- emanare direttive sulla valutazione dell’insegnamento e della ricerca;
- emanare direttive relative alla valorizzazione delle conoscenze acquisite nell’ambito della ricerca.
Inoltre la CUS emana raccomandazioni sulla cooperazione, sulla pianificazione pluriennale e per una ripartizione equilibrata del lavoro nel settore universitario, informa sulle proprie attività e consulta gli ambienti interessati.
La CUS si compone dei direttori della pubblica educazione dei Cantoni universitari, di due direttori della pubblica educazione di Cantoni non universitari, del Segretario di Stato per la scienza e la ricerca nonché del Presidente del Consiglio dei politecnici federali. Prendono parte alle sedute con voto consultivo il Presidente della Conferenza dei rettori delle università svizzere, la responsabile del reparto "scuole universitarie" della Segreteria di Stato per l'educazione e la ricerca e la direttrice dell'Ufficio federale della formazione professionale e della tecnologia nonché il Segretario generale della CUS. Il segretariato generale tratta gli affari della CUS ed accompagna le attività delle commissioni della CUS: la Conferenza dei capi dei servizi universitari, il Servizio delle costruzioni universitarie nonché i comitati direttivi "Parità di opportunità tra uomo e donna", "Consorzio delle biblioteche universitarie" e "Contabilità analitica".
La CUS lavora in stretta collaborazione con la Conferenza dei rettori delle università svizzere (CRUS) , la quale è incaricata di trattare gli affari di natura accademica.
