La Conférence universitaire suisse (CUS) est l'organe commun de la Confédération et des cantons pour la collaboration dans le domaine de la politique des hautes écoles universitaires. Ses bases légales se fondent d'une part sur la loi sur l'aide aux universités du 8.10.1999 et sur le Concordat intercantonal de coordination universitaire du 9.12.1999 d'autre part. Elle a été instituée le 1.1.2001 par la Convention entre la Confédération et les cantons universitaires sur lacoopération dans le domaine des hautes écoles universitaires et succède à l'ancienne Conférence universitaire suisse.
La CUS dispose de compétences décisionnelles contraignantes dans des domaines définis et est chargée des tâches suivantes:

• édicter des directives sur la durée normale des études et la reconnaissance des acquis et des qualifications qui lient toutes les parties à la convention;
• octroyer des contributions liées à des projets;
• évaluer périodiquement l'attribution des pôles de recherche nationaux dans l'optique de la répartition des tâches entre les universités sur le plan national;
• reconnaître des institutions ou des filières d'études;
• édicter des directives sur l'évaluation de l'enseignement et de la recherche;
• édicter des directives relatives à la valorisation des connaissances acquises par la recherche.
  

De plus, la CUS émet des recommandations relatives à la collaboration, à la planification pluriannuelle et à une répartition des tâches équilibrée dans le domaine des hautes écoles universitaires; en outre, elle informe sur les dossiers qu'elle traite et consulte les milieux intéressés.
La CUS se compose des directeurs de l'instruction publique des cantons universitaires, de deux directeurs de l'instruction publique de cantons non universitaires, du secrétaire d'Etat à l'éducation et à la recherche et du président du Conseil des EPF. Le président de la Conférence des recteurs des universités suisses, la responsable du ressort "hautes écoles universitaires" au secrétariat d'Etat à l'éducation et à la recherche et la directrice de l’Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie participent aux séances avec voix consultative. Les affaires de la CUS sont gérées par un secrétariat général qui accompagne également les commissions de la CUS: la Conférence des chefs de service des affaires universitaires, le Bureau des constructions universitaires ainsi que les comités de pilotage Egalité des chances, Consortium des bibliothèques universitaires et Comptabilité analytique.
La CUS travaille en étroite collaboration avec la Conférence des recteurs des universités suisses qui est chargée du traitement des affaires de nature académique.